Cependant, les incertitudes quant à la réussite du projet sont nombreuses. Tout d’abord, nous pouvons remarquer que si l’appropriation du projet par les habitants est aujourd’hui mise en avant avec « l’Atelier citoyen », la gouvernance du projet n’a que tardivement intégré les citoyens au dialogue. Ceci fragilise les objectifs de durabilité fixés par le projet.

 De même, l’émergence d’une véritable centralité reste toujours en suspens. On peut se demander si l’intégration du CHU de Nantes pose effectivement ce dernier comme « moteur de centralité » comme le présentent les acteurs du projet.
 

 Enfin, la couture entre les différents quartiers reste un défi majeur. Les projets d’aménagement se font par « bulles » sur l’île. Les projets de développement économique sont davantage présents au Sud-ouest de l’île alors que les projets de logements très sociaux se développent surtout au Nord-est.